Το λιμάνι των Σπηλιών αποτελεί το θαλάσσιο επίνειο του Σπαρτοχωρίου, σε προστατευμένο όρμο στη βορειοδυτική πλευρά του Μεγανησίου. Διαθέτει προβλήτες και υποδομές για επιβατικά και ιδιωτικά σκάφη και συνδέεται άμεσα με τον οικισμό.
Οργανωμένη μαρίνα στον προστατευμένο κόλπο του Βαθέος, με θέσεις ελλιμενισμού και υποδομές εξυπηρέτησης σκαφών αναψυχής. Βρίσκεται δίπλα στον οικισμό και αποτελεί μέρος της ναυτικής και τουριστικής υποδομής του Μεγανησίου.
Το κύριο λιμάνι των Παξών, στον προστατευμένο όρμο του Γαΐου, εξυπηρετεί την ακτοπλοϊκή σύνδεση του νησιού, μικρότερα σκάφη και σκάφη αναψυχής. Το 2026 τέθηκε σε λειτουργία νέος επιβατικός σταθμός.
