Το λιμάνι των Σπηλιών αποτελεί το θαλάσσιο επίνειο του Σπαρτοχωρίου, σε προστατευμένο όρμο στη βορειοδυτική πλευρά του Μεγανησίου. Διαθέτει προβλήτες και υποδομές για επιβατικά και ιδιωτικά σκάφη και συνδέεται άμεσα με τον οικισμό.
Οργανωμένη μαρίνα στον προστατευμένο κόλπο του Βαθέος, με θέσεις ελλιμενισμού και υποδομές εξυπηρέτησης σκαφών αναψυχής. Βρίσκεται δίπλα στον οικισμό και αποτελεί μέρος της ναυτικής και τουριστικής υποδομής του Μεγανησίου.
Το κύριο λιμάνι των Παξών, στον προστατευμένο όρμο του Γαΐου, εξυπηρετεί την ακτοπλοϊκή σύνδεση του νησιού, μικρότερα σκάφη και σκάφη αναψυχής. Το 2026 τέθηκε σε λειτουργία νέος επιβατικός σταθμός.
Λιμένας της ανατολικής Κεφαλονιάς, που εξυπηρετεί επιβατικές ακτοπλοϊκές συνδέσεις με την Πάτρα, τον Αστακό, την Ιθάκη και άλλους προορισμούς, καθώς και ελλιμενισμό σκαφών. Η περιοχή διαθέτει επίσης κατάλοιπα του αρχαίου λιμένα της Σάμης
Βασικός λιμένας της νοτιοανατολικής Κεφαλονιάς, που εξυπηρετεί επιβατηγά και οχηματαγωγά πλοία και συνδέει το νησί με την Κυλλήνη, την Ιθάκη και άλλους προορισμούς. Διαθέτει επίσης θέσεις ελλιμενισμού και βασικές παροχές για σκάφη.
