Η έδρα του Δήμου Μεγανησίου, χτισμένη σε λοφώδη θέση πάνω από τον κόλπο του Αθερινού. Το Κατωμέρι διατηρεί παλιά πέτρινα σπίτια και στενούς δρόμους, ενώ το αγροτικό τοπίο και οι ελαιώνες γύρω από τον οικισμό συνδέονται με την παραγωγική ιστορία του νησιού.
Παραθαλάσσιος οικισμός στον προστατευμένο κόλπο του Βαθέος, με λιμάνι, προκυμαία, ψαροταβέρνες και τουριστική μαρίνα. Η ναυτική δραστηριότητα αποτελεί βασικό στοιχείο της ταυτότητάς του και συνδέεται με την καθημερινή ζωή και τον θαλάσσιο τουρισμό του Μεγανησίου.
Παραδοσιακός οικισμός σε λοφώδη θέση πάνω από τον όρμο της Σπηλιάς, με πέτρινα σπίτια, στενά δρομάκια και ανοιχτή θέα προς το Ιόνιο και τα γειτονικά νησιά. Συνδέεται με το λιμάνι των Σπηλίων μέσω σύντομης πεζοπορικής διαδρομής.
